Die Vertragsstaaten entrichten darüber hinaus jährliche Mitgliedsbeiträge, aus denen die Verwaltungskosten der Konvention bestritten werden.
Eine der häufigsten Fragen von Vertretern der Nicht-Vertragsstaaten ist die nach dem Nutzen, den sie als Vertragsstaaten aus ihrer Mitgliedschaft in der Bonner Konvention ziehen würden. Die Frage spiegelt den geringen Stellenwert des Naturschutzes im Allgemeinen und der internationalen Zusammenarbeit für die wandernden Arten im Besonderen wider. Unmittelbare Nutznießer sollen nicht die Vertragstaaten, sondern die bedrohten wandernden Arten sein sowie deren durch die Wanderungen vernetzten Lebensräume. Die weltweite Wirtschaftkrise, die leeren öffentlichen Kassen, die existentiellen Probleme der Menschen in den Entwicklungsländern sowie in den osteuropäischen Ländern tun ein übriges, um das Anliegen der auf die Zukunft gerichteten Erhaltung der Natur gegenüber den Gegenwartsproblemen der Menschen und Gemeinwesen weit in den Hintergrund zu rücken.
Dabei hat sich mittlerweile weltweit die Erkenntnis durchgesetzt, dass die Erhaltung der Natur ("Biodiversität") und ihres Wirkungsgefüges die wichtigste Basis für das Überleben und die Erhaltung der Lebensgrundlagen für die künftigen Generationen der Menschheit sind. Handelte man nach dieser Erkenntnis, so würde man sehen, dass wandernde Arten eine Gruppe von Tieren sind, die einer besonderen Betrachtung und Behandlung bedürfen. Sie sind damit Symbole für das gemeinsame Naturerbe, das nur in Zusammenarbeit der Arealstaaten wirksam erforscht, geschützt und ggf. genutzt werden kann. Auch sind sie natürliche Indikatoren für den Zustand der Ökosysteme in den weiträumigen Netzen der Wanderungssysteme. Da sie zum größten Teil weit oben in der Nahrungskette stehen, sind sie wichtige Indikatoren für den Zustand der Natur insgesamt. Sie tragen in noch weitgehend unbekanntem Umfang zu der Erhaltung eines breit gefächerten Spektrums an Pflanzen- und Tierarten bei. Schließlich sind sie eine wichtige Genreserve und bergen ein noch unbekanntes Potential für wissenschaftliche und technische Innovationen.
Gegenwärtig sind in den meisten Ländern Erhaltungsbemühungen für wandernde Tierarten in das System des nationalen Artenschutzes integriert, der meist auf regionaler oder kommunaler Ebene stattfindet. Die besonderen Schutzerfordernisse der wandernden Arten, die sich aus den großräumigen Wanderungen ergeben, werden dadurch meist nicht beachtet. Die Lücken in der Erforschung der Wanderwege ganzer Artengruppen selbst in Westeuropa (wie z.B. der Fledermäuse) zeigen die Defizite auch bei den Erhaltungsmaßnahmen auf. Abkommen der Arealstaaten können diese Lücken schließen. Sie begründen die reale Verpflichtung dieser Staaten und ihrer Organe, den Kenntnisrahmen zu erweitern und die Schutz- und Erhaltungserfordernisse zu erkunden. Der Nutzen, den diese Länder daraus ziehen, ist einmal die Möglichkeit, zielgerichtete und effektive Erhaltungsmaßnahmen zu treffen; zum anderen wird die Kosten-Nutzen-Relation für diese international abgestimmten Maßnahmen erheblich verbessert, weil mit relativ weniger Aufwand ein größerer Erhaltungseffekt erzielt werden kann, als wenn isolierte Maßnahmen im innerstaatlichen Rahmen getroffen werden. Dies bedeutet allerdings nicht, dass der Aufwand absolut gesenkt werden kann.
Für Entwicklungsländer ergeben sich insofern konkrete Vorteile aus der Mitgliedschaft und Mitarbeit in der Bonner Konvention bzw. deren Abkommen, als die zu zahlenden Beiträge für sie sehr gering sind, kleinere Projekte aus dem Fonds der Konvention bzw. der jeweiligen Abkommen finanziert werden, größere Projekte bessere Chancen haben, von internationalen, supranationalen oder nationalen Entwicklungsfonds der Industrieländer gefördert zu werden. Darüber hinaus werden die Reisekosten für Vertreter der Regierungen oder Forschungseinrichtungen von Entwicklungs- und osteuropäischen Ländern, die an Tagungen der Konvention bzw. der Abkommen teilnehmen, erstattet. Die Konvention und die Abkommen bewirken eine Zusammenführung der Forscher, der Vollzugsbehörden und der nichtstaatlichen Organisationen, wodurch die Zusammenarbeit nicht nur auf internationaler, sondern auch auf innerstaatlicher Ebene verbessert wird. Auch bewirken die Abkommen eine größere Aufmerksamkeit in der Öffentlichkeit und dadurch wiederum bei den öffentlichen Entscheidungsträgern.